成立于2020年7月20日的温州大学高等教育研究院，是由温州大学发展规划处与教育学院共同建设的一所以研究教育政策为主要任务的研究机构。该机构以高质量建成国内一流、国际知名，特色鲜明的高水平研究教学型大学为使命，在地方高校治理现代化、创新人才培养、高等教育与城市转型发展等方面开展持续研究，承担国家级及省部级重大、重点科研项目及有关机构的委托项目，目前已获批温州市首批新型智库，成为聚焦高等教育与区域发展、教育质量评估与发展监测、社会心理服务与基层治理的高水平科研平台和区域发展战略研究高地。
温州大学高等教育研究院成立于学校成功迈进浙江省重点建设高校行列这一特殊背景。2019年12月，温州市委市政府出台《关于支持温州大学创建“省市共建”省重点建设高校的实施意见》，将温州大学建设作为重点工作纳入区域发展规划并给予全方位的支持，并在浙江省教育厅和温州市人民政府全面支持下，温州大学内涵发展进入了新的历史跨越期，温州大学高等教育研究院应运而生。
高等教育研究院汇集了温州大学教育学、法学、管理学等多个学科的数十名中青年学者与青年博士骨干，对重大课题进行联合攻关，在教育学及与其相关、交叉学科领域形成多视角、多层面、复合型的高等教育研究格局，在特色方向上逐渐形成了开放、有序、富有活力的研究态势。近三年，机构负责人与核心成员承担了8项国家社科基金课题、29项省部级课题，研究成果获国家级、省部级奖项多项；本着为党和政府决策咨询服务，为国家和地方经济社会发展服务，为国家重大决策和创新创业教育实际运作服务的宗旨，研究院积极打造高等教育的决策咨询服务智库，调研报告被《光明日报》等媒体转发，以成果要报和专题报告等形式，向学校及省市相关部门报送研究成果。
研究院紧紧围绕地方党委政府所需，密切跟踪政策理论前沿，整合借力国家智库网络，发挥多学科交叉优势开展前瞻性、战略性研究，依托教育学院高等教育学二级硕士点及教育学科其他硕士点智力资源，按照“保证数量，提升质量，确保突破”的原则，通过定方向、定指标、完善激励机制等方式，逐步形成研究合力和优势，在设定的研究方向上取得重大突破。近年来，在团队的共同努力下，研究院发扬“求学问是、敢为人先”的精神，通过探索新的研究机制，组建了一支队伍，凝聚了一批专家，明晰了方向和重点，推出了一批成果，为温州市教育乃至浙江省教育改革和发展以及人才培养作出了积极贡献。